1. Aufzug

Der Prinz Tamino wird von der Königin der Nacht ausgesandt, um ihre Tochter Cassilda zu retten, die von dem gelben König entführt wurde. Ein Flugwesen wird dem Prinzen zur Seite gestellt. Tamino erhält eine Zauberflöte um das Flugwesen zu rufen. Beide brechen auf, um die Tochter zu befreien. 

Das Flugwesen eilt vorraus und sichtet die Tochter in dem Reich des gelben Königs und berichtet ihr, dass der verliebte Prinz zu ihrer Rettung aufgebrochen ist. 

Flugwesen und Tochter wollen fliehen um dem Prinzen  entgegenzueilen. Das gelingt, als Cassilda jedoch auf den Rücken steigt, beobachtet sie dabei der Oberaufseher. 

Derweil erreicht Tamino die Stadt Carcosa, wo er erfährt, dass der König nur gute Absichten verfolgt, was ihm nicht so ohne weiteres einleuchtet („so ist denn alles Heuchelei“). 

Der Prinz gerät in die Hände von dem Oberaufseher, der ihn als Gefangenen zum gelben König bringt. Der Oberaufseher wird von dem König bestraft, Der Prinz und das Flugwesen werden in den Prüfungstempel geführt und von der Schönheit getrennt.

2. Aufzug

Der König wünscht, dass der Prinz als Priester des Weisheitstempels geweiht wird, und erklärt, dass er, der gelbe König, Cassilda entführt habe, um sie vor der in seinen Augen bösen Königin der Nacht zu bewahren, die auch den Tempel zerstören wolle. Tamino und die Tochter seien füreinander bestimmt. Sie müssten zuvor jedoch drei Prüfungen bestehen. 

Tamino und das Flugwesen unterziehen sich den Prüfungen, das Flugwesen versagt jedoch schon zu Beginn und darf den Prinzen nicht weiter begleiten. Die Tochter darf dagegen weiter ihrem Tamino folgen; mit Hilfe der Zauberflöte bestehen sie die letzten beiden Prüfungen. 

Die Königin der Nacht versucht einen Überfall auf den Tempel, wird dabei jedoch mit ihren Verbündeten vernichtet. 

Tamino und Cassilda werden schließlich durch den gelben König gemeinsam in den Kreis der Eingeweihten aufgenommen.